Colegio Jesuitas Siglo XVII
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Pedro Cabrera
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1625-1626
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Pedro Egurrola
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1626-1630
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Juan De Figueroa
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1631-1632
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Jorge Manrique
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1633
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Francisco Ríos De Soto
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1634
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Luis Gómez
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1635-1636
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Luis Suárez
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1636-1637
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José Gandia
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1638-1640
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Luis Sosa
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1641
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José Gandia
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1642-1645
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Alfonso Farfán
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1646
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Luis Suárez
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1647-1652
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Diego Osorio
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1653-1654
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José Gandia
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1655-1657
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Agustín Guzmán
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1658-1659
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Nicolás De Barreda
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1660-1663
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Agustín de Guzmán
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1664
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Juan Pascual
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1665-1669
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Juan Manuel De Gamboa
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1670
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Eugenio De Loza
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1671-1673
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Francisco Montero
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1674
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Francisco Javier De Faría
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1675-1679
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Domingo De Figueroa
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1680
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Juan De Roble
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1681-1683
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Juan Manuel De Gamboa
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1684-1685
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Felipe De Hinestrosa
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1686-1688
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José Díaz
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1689-1692
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Bernardo Rolandegui
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1693-1695
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Agustín de Roa
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1696
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Domingo Miguel
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1697-1698
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Diego Felipe De Mora
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1699-1703
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Siglo XVIII
| Nicolás Azoca | 1704-1706 |
| Antonio Gutiérrez | 1707 |
| Martín Lezama | 1708-1710 |
| Miguel De Rosell | 1711-1713 |
| Alonso Calvo | 1714-1715 |
| Ambrosio De Villacasín | 1716 |
| Alonso Calvo | 1717-1718 |
| Antonio De Mora | 1719-1721 |
| Francisco Ortíz | 1722-1723 |
| Pedro Sarmiento | 1724 |
| Antonio Casín | 1725 |
| Antonio De Paredes | 1726-1728 |
| José Antonio Navarrete | 1729 |
| Pedro León De Molina | 1730-1732 |
| Francisco Antonio Navarrete | 1733-1735 |
| José De Ascaní | 1736-1738 |
| Francisco Antonio Navarrete | 1739 |
| José Redona | 1740-1747 |
| Agustín de Carta | 1748-1750 |
| Antonio De Paredes | 1751-1753 |
| Ignacio Rondero | 1754-1757 |
| Juan José Ruiz De Castañeda | 1758-1760 |
| Salvador De La Candara | 1761 |
| Francisco Mariano Canvhez | 1762-1763 |
| Josquín José Isauzqui | 1764 |
| Diego Verdugo | 1765 |
| Andrés Lucena | 1766 |
| Diego José Abad |
1767
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Colegio Civil del Estado
| Prospero C. Vega | 1869 |
| Nicolás Campa | 1869-1875 |
| Benigno Frías | 1876 |
| Mariano Reyes | 1880 |
| Prospero C. Vega | 1880-1883 |
| Adolfo De La Isla | 1893-1911 |
| Salvador Alvarez | 1911 |
| José Antonio Septien | 1911-1913 |
| Luis M. Vega | 1914 |
| José Islas | 1914-1917 |
| Luis M. Vega | 1917-1927 |
| Luis F. Pérez | 1928-1929 |
| Leopoldo Aguilar | 1929-1930 |
| Luis M. Vega | 1930-1931 |
| Hazael Monter | 1931-1932 |
| Leopoldo Martínez Cosio | 1932 |
Rectores de la Universidad Autónoma de Querétaro
| Fernando Díaz Ramírez | 1951-1958-1963 |
| José Alcocer Pozo | 1958 |
| Alberto Macedo Rivas | 1964-1965 |
| Hugo Gutiérrez Vega | 1966-1967 |
| Enrique Rabell Trejo | 1967-1968 |
| Salvador Septien Barron | 1968-1970 |
| Agapito Pozo Balbas | 1970-1971 |
| José Guadalupe Ramírez Alvarez | 1971-1976 |
| Enrique Rabell Fernández | 1976-1979 |
| Mariano Palacios Alcocer | 1979-1982 |
| Braulio Guerra Malo | 1982-1988 |
| Jesús Pérez Hermosillo | 1988-1994 |
| José Alfredo Zepeda Garrido | 1994-2000 |
| Dolores Cabrera Muñoz | 2000-2006 |
| Raúl Iturralde Olvera | 2006-2012 |
| Gilberto Herrera Ruiz | 2012-2018 |
| Margarita Teresa de Jesús García Gasca | 2018-2024 |
| Silvia Lorena Amaya Llano | 2024-2027 |