Instrumentación y Mecatrónica. Concentra las líneas relativas a la solución de problemas mecánicos, electrónicos, de instrumentación y automatización que favorezcan el desarrollo tecnológico y los procesos industriales, así mismo, explora el uso y aprovechamiento de nuevas fuentes de energía alternativas.

Modelación analítica y experimental de sistemas físicos. Integra las líneas de investigación relacionadas con procesos físico-químicos, la modelación matemática y modelación física, para apoyar el desarrollo tecnológico y científico de los sectores de la sociedad. Dichos procesos abarcan áreas como energías, sustentabilidad, inteligencia artificial, ingeniería civil, industrial, materiales y biomédica.

Biosistemas. Esta línea se orienta al diseño y estudio de biosistemas vegetales y animales bajo condiciones protegidas, como línea de investigación multidisciplinaria, incluye actividades coordinadas ´por especialistas: biólogos, químicos, bacteriólogos, parasitólogos, ingenieros civiles e ingenieros agrónomos. Por lo anterior, se realizan investigaciones en estructura, patología, nutrición y de valor agregado a la producción primaria (agricultura, ganadería y forestal), la biotecnología y la mecatrónica.