En la Universidad Autónoma de Querétaro, inicialmente se crearon 13 proyectos de Dependencias de Educación Superior (DES), uno por cada facultad. En 2014, se registró la DES San Juan del Río (DES-SJR).

En los últimos años, la UAQ ha fortalecido su presencia a nivel estatal. Sin embargo, en la distribución actual de las DES aún falta la representatividad de los Programas Educativos (PE) que se imparten en la región serrana del estado, así como de aquellos que están en proceso de creación para atender los campus de Colón, Huimilpan y Landa de Matamoros, donde la UAQ ya cuenta con espacio físico. En Tolimán, se encuentra en proceso la donación del predio; mientras que, en Ezequiel Montes y San Joaquín, ya se han realizado gestiones para contar con espacios físicos.

Por lo anterior, se ha llevado a cabo un estudio de redistribución de las facultades que se encuentran en los campus foráneos, con el propósito de conformar dos nuevas entidades: DES Centro-Sur (anteriormente DES-SJR) y DES Semidesierto-Sierra Gorda (SD-SG).

El objetivo principal de la conformación de estas DES es cerrar brechas y promover el desarrollo académico regional mediante la integración de grupos colegiados que deriven en cuerpos académicos, el incremento de la matrícula y la generación de proyectos de impacto regional.