Administración Central
- Honorable Consejo Universitario
- Rectoría
- Secretaría Académica
- Secretaría Administrativa
- Coordinación de Mantenimiento
- Coordinación de Compras
- Coordinación de Seguridad Universitaria y Servicios Internos
- Coordinación General de Recursos Materiales
- Dirección de Recursos Humanos
- Coordinación General de Servicios de Informatización
- Coordinación de Infraestructura Física y Telecomunicaciones (CIFT)
- Coordinación de Red Wireless
- Coordinación de Red de Videoconferencia
- Coordinación de Switching & Routing
- Coordinación de Centro de Cómputo Académico
- Coordinación y Administración de Seguridad Perimetral (RIC)
- Coordinación de Centro de Información de la red (NOC) y Centro de Operación de la red (NIC)
- Centro de Atención y Soporte (CAS)
- Secretaría de la Contraloría
- Secretaría de Extensión Universitaria
- Coordinación de Educación Continúa
- Dirección de Vinculación Social
- Dirección de Vinculación Tecnológica
- Coordinación de Centro de Negocios
- Coordinación de la Unidad de Vinculación y Transferencia del Conocimiento
- Coordinación de INCUBAUAQ
- Coordinación de Enlace con el Sector Productivo
- Coordinación de Servicio de Empleo
- Coordinación de Desarrollo Sustentable
- Coordinación de Proyectos Especiales
- Coordinación de Enlaces Interinstitucionales
- Coordinación de Red del Conocimiento
- Coordinación de Tecnologías y Capacitación a Distancia
- Coordinación del Observatorio Meteorológico de Querétaro UAQ
- Coordinación de la Librería Universitaria
- Dirección General de Bibliotecas
- Dirección de Innovación y Creatividad Cultural
- Secretaría de Finanzas
- Secretaría Particular
- Secretaría de la Rectoría
- Oficina del Abogado General
- Dirección de Planeación
- Rectoría
Transparencia Institucional
Proyectos Institucionales
Escuela de Bachilleres y Facultades
- Escuela de Bachilleres "Salvador Allende"
- Facultad de Bellas Artes
- Facultad de Contaduría y Administración
- Facultad de Derecho
- Facultad de Ciencias Naturales
- Facultad de Ciencias Políticas
- Facultad de Enfermería
- Coordinación General del Deporte
- Facultad de Filosofía
- Facultad de Informática
- Facultad de Ingeniería
- Facultad de Lenguas y Letras
- Facultad de Medicina
- Facultad de Psicología
- Facultad de Química