1994
En esta elección se repite el triunfo panista con la victoria de Francisco Layseca Coéllar. Layseca fue claramente apoyado²⁴ por Enrique Burgos García, gobernador a la sazón, de procedencia priísta. Al resultar postulado Layseca, se había dado una ruptura, o al menos fuerte fricción, entre el presidente municipal saliente y el candidato, la cual causa escisiones que parecían debilitar al partido recientemente llegado al poder.
Layseca había competido contra Víctor Rojas Zetina, del PRI. Los resultados oficiales habían dado originalmente la victoria a este último partido, incluso con una mayor diferencia que tres años antes. Pero el PAN interpuso un recurso de inconformidad “por fraude electoral”. El Tribunal de Justicia Electoral, en votación dividida, anula completa la votación para el PRI con el argumento, un tanto pueril, de que una de las candidatas suplentes a una regiduría no tenía la mayoría de edad cumplida al día de la elección. Nuevamente se da la sospecha de una “concertacesión” como se le había dado en llamar a la manipulación de los resultados por parte de la Presidencia de la República y la dirigencia de facto del PAN y una vez más, se cuestiona en algunos círculos -sin mucha resonancia- la legitimidad del triunfo panista. Estos resultados favorecen asimismo al PRD, pues con la desaparición de los votos del PRI, aquel partido alcanza 5 regidurías (en lugar de 2) y deja a éste fuera no sólo de la presidencia municipal, sin también del cabildo.

1997- 2000
En 1977, el triunfo panista se repite, pero ahora los márgenes de diferencia PRI-PAN son claros y las votaciones legitiman de manera contundente el triunfo de Acción Nacional. Estas elecciones presentan un repunte del abstencionismo²⁵ que asciende del 22.84% de 1994 al 28.53 (Cuadro 2).

Votación de San Juan del Río 1988-2003

AÑO	PADRÓN	PAN		PRI		OTROS		NULOS		TOTAL		ABSTENCIONISMO
		Absol.	Relat.	Absol.	Relat.	Absol.	Relat.	Absol.	Relat.	Absol.	Relat.	Absol.	Relat.
1988	47,746	9,354	37.82	12,215	49.39	2,723	11.01	439	1.78	24,731	51.8	23,015	48.2
1991	55,610	19,836	45.25	21,840	49.82	892	2.03	7,939	18.11	43,837	78.83	11,773	21.17
1994	78,752	25,804	42.47	30,764	50.63	2,746	4.52	1,451	2.39	60,765	77.16	17,987	22.84
1997	87,639	29,646	47.33	24,746	39.54	6,060	9.67	2,167	3.46	62,637	71.47	25.002	28.53
2000	104,700	36,852	51.93	25,228	35.55	6,130	8.64	2,743	3.87	70,961	67.78	33,739	32.22
2003	121,218	23,063	37.08	27,279	43.86	10,427	16.77	1,423	2.23	62,192	51.31	59,026	48.69

Fuente: elaboración propia con datos del Instituto Electoral de Querétaro.
Nota: Los datos presentados para las elecciones de 1991 y 1994 son previos a las resoluciones del Tribunal Electoral.

En el proceso electoral del año 2000, continúa el crecimiento del padrón electoral, aunque con tasas inferiores a los años previos; persiste el esquema bipartidista PAN-PRI que ha prevalecido en el municipio. No obstante, se observa la participación más elevada de nuevos partidos en el sistema (Ver Cuadro 2, “Otros”).
Las diferencias entre el voto urbano y el rural, por su parte, siguen mostrando la preferencia de éste último hacia el PRI y la marcada tendencia panista en las zonas urbanas de todos los niveles socioeconómicos, fenómeno que se presenta en todo el país²⁶. Sin embargo, en esta elección municipal, el PRI pierde casi 8,000 votos en el área rural, al pasar de algo más de 18,000 a sólo 10,700, una caída del 40%. La legendaria reserva de “voto verde” se convirtió en un mero lugar común sin referencia empírica. 1997, fue el año del triunfo de Ignacio Loyola, primer gobernador panista de Querétaro. Cabría suponer que la elección para gobernador que normalmente afecta a las concurrentes- provocó esta caída; sin embargo, el propio PAN vio descender su captación. Los votos rurales, sin lugar a dudas, se repartieron entre el abstencionismo, primero y las nuevas opciones, particularmente, el PRD en segundo lugar.

2003
Las elecciones municipales del 2003, reafirman la idea de un sistema bipartidista en San Juan del Río. Esta afirmación, sin embargo, requiere ser matizada, pues el crecimiento del abstencionismo y de algunos de los partidos nuevos no resultan irrelevantes y es aparentemente este crecimiento, más que la conducta de los votantes hacia el PRI, lo que determina el retorno al poder de este partido.

El triunfo del PRI en 2003, después de 12 años de administraciones municipales emanadas del PAN, era previsto por algunos observadores, pero el mismo se hacía depender de la calidad del candidato priísta y de la forma de su designación. En realidad, los resultados permiten conjeturar que el PRI hubiera ganado casi de cualquier manera, porque más bien, el que perdió fue el PAN. De hecho, el PRI gana los 4 procesos efectuados el 6 de julio para gobernador, ayuntamiento, diputación local y federal- y la candidata priísta no era la mejor opción del PRI, al menos en la opinión de algunos analistas.

Los números indican que lo más relevante es la abrupta caída de los votos hacia el PAN (Ver Cuadro 2). Conviene tener presente que los sanjuanenses tenían ante sí, al momento de votar, la experiencia de cuatro administraciones municipales consecutivas de origen panista, pero también los seis años de gobierno estatal y la mitad del federal, emanados todos del mismo partido.

En entrevistas con actores políticos, tanto del PRI como del PAN y del PRD²⁷, se señala que en las dos últimas administraciones municipales fue “notable”²⁸ la falta de obra pública del gobierno del panista Ignacio Loyola en San Juan, así como la desilusión general que causó el gobierno del presidente Vicente Fox.
El hecho claro es que el PAN disminuye su votación en todos los comicios concurrentes de julio de 2003. Por lo que toca a la elección de Ayuntamiento, el partido gobernante pierde 13,789 votos (de un total de 62,192 y de una votación para dicho partido de 36,582 en 2000. Cfr. Cuadro 2 y Gráfica 2), sin contar los que le podrían haber correspondido por el crecimiento del padrón. Aparentemente, esos votos que pudieron haber sido panistas, no se dirigen más que de manera marginal hacia el PRI pues aunque éste muestra un pequeño aumento, habría aún que descontar la aportación del Partido Verde, que corrió en alianza con el tricolor bajo el registro de la Alianza Para Todos (APT)- y más bien se derivan a la abstención²⁹, y en menor medida, hacia Fuerza Ciudadana, partido que a pesar de ser nuevo, alcanza una preferencia similar al de la Revolución Democrática (ver Anexo 1).
El PRI gana la Presidencia Municipal con 27,279; 2,000 más que en la elección anterior y sin necesidad de alcanzar su máximo histórico que había ocurrido 9 largos años antes, con un padrón naturalmente más reducido. El mínimo de votación en el periodo 1994-2003 ocurrió en 1997 (24,764 votos) y el promedio para dicho periodo asciende a 27,000, aproximadamente (Ver Gráfica 1). Por su parte, Acción Nacional capta solamente 23,063 votos; una pérdida de cerca de 14,000 lo que equivale a más de 37% de su votación anterior. Esta es la votación más baja para el PAN en el periodo 94-2003 y está por debajo de su promedio para este lapso. Conviene observar que si el PRI hubiese mantenido su votación mínima de la serie, aún así habría ganado. Si nos fijáramos en cambio en los diversos comicios que se celebraron precisamente el 6 de julio de 2003, veríamos que en su votación más baja, la que obtuvo su candidato a diputado federal quien por cierto, fue derrotado, ya que el distrito incluye electores de otros municipios- el PRI habría tenido lo suficiente para derrotar al blanquiazul. Tampoco le habría sido indispensable al PRI la aportación del Partido Verde Ecologista de México, instituto que concurrió en alianza con el PRI, bajo la denominación Alianza para Todos, pues en la elección anterior sólo captó 858 votos (Ver Anexo).