El Premio Alejandrina a la Investigación surge inspirado por el aprecio del Doctor Octavio S. Mondragón, a la investigación universitaria y en memoria de su distinguida esposa, Doña Alejandrina Gaitán de Mondragón.

En 1985, el Dr. Mondragón funda y otorga por primera vez el Premio “Alejandrina Gaitán de Mondragón” con el objeto de otorgar anualmente un reconocimiento a la investigación científica, humanística y en ciencias ambientales, así como a la creación artística. Con esta acción el Dr. Mondragón, quien fue gobernador del Estado de Querétaro en los años cincuenta, concreta su anhelo de contribuir a que la Universidad Autónoma de Querétaro contara con un patrimonio propio para la investigación y que la limitación económica no entorpeciera la capacidad científica-académica de la primera Institución de educación superior en el Estado de Querétaro, entonces bajo la Rectoría del licenciado Braulio Guerra Malo (1982-1988).

Es así como en 1985 se lanzó la primera convocatoria del Premio Alejandrina a la Investigación Científica, en todas sus áreas, premiándose solamente al primer lugar con un millón de pesos, una medalla de oro, diploma, y la publicación del trabajo ganador. En el año de 1990, el Premio se amplía a dos áreas: la investigación científica y la investigación humanística. Se premian a los dos primeros lugares de cada área con tres millones de pesos, medalla de plata y diploma.

En 1994, se integran los premios a la investigación que otorgaban de manera independiente el Fundador del Premio "Alejandrina Gaitán de Mondragón", el Consejo de Ciencia y Tecnología de Querétaro (CONCYTEQ) y la Secretaría de Desarrollo Urbano, Obras Públicas y Ecología, en un solo premio: “El Premio Alejandrina a la Investigación”, con dos modalidades: la Investigación Científica y Tecnológica y la Investigación Social y Humanística. El monto del premio para el primer lugar de cada modalidad asciende a diez millones de pesos, medalla de plata y diploma.

En 1995, ante el crecimiento desmedido de la ciudad, nace la preocupación por el medio ambiente y, por tanto, se intensifica el esfuerzo por parte de los patrocinadores y el Premio Alejandrina a la Investigación se empieza a otorgar en una tercera modalidad: a la investigación en Ecología. A partir de este año los patrocinadores quedan integrados por: Fundador del Premio Alejandrina Gaitán de Mondragón, la Universidad Autónoma de Querétaro, el CONCYTEQ, la Secretaría de Desarrollo Urbano, Obras Públicas y Ecología, Fomento Queretano, Celanese Mexicana, Cartones Ponderosa, y Vidriera Querétaro. Se premian a los tres primeros lugares de cada modalidad: treinta mil pesos para el primer lugar, diez mil pesos para el segundo, y al tercer lugar medalla y diploma, sin estímulo económico.

Para 1996 participan los mismos patrocinadores y el Premio se otorga con las mismas cantidades del año anterior. Industria Rayse se integra al grupo de patrocinadores en 1997; permanecen las mismas modalidades y los montos del Premio.

Para la versión 1998 se abre una nueva modalidad: la Creación Artística con especialidad en pintura. Cada año esta modalidad se dedica a una rama diferente de las Bellas Artes. Se integran a este esfuerzo Don Roberto Ruiz Obregón así como las empresas Agrogen, Holstein de México, Industrias Lactel, Kimberly Clark de México, New Holland de México, y Promociones Gráficas.

En 1999 en la Creación Artística, se premian las modalidades de canto operístico y composición musical, solamente a los primeros lugares con un monto de veinte mil pesos. Se integran al grupo de patrocinadores: Arvin de México, S.A. de C.V., Grupo Banorte, S.A. y el Patronato de la Universidad Autónoma de Querétaro. Para la décimosexta versión año 2000, se premió en la Creación Artística a la especialidad de literatura en la modalidad de cuento, permanecen las mismas modalidades y los montos del Premio.

El Premio Alejandrina en su edición 2001, modificó una de las áreas de investigación de Ecología a Medio Ambiente, abriendo mayores posibilidades a los interesados en concursar en esta área. En Creación Artística se premia las áreas de dirección teatral y diseño gráfico. En esta ocasión se suman los patrocinadores Bticino de México, S.A. de C.V., y Climate Systems Mexicana, S.A. de C.V, Applica Manufacturing S. de R.L. de C.V., Productos Gerber, S.A. de C.V. y Grupo Industrial C&A S.A. de C.V. y cancela su apoyo Cartones Ponderosa S.A de C.V. Permanecen los mismos montos del Premio.

Las áreas a premiar en investigación son: Ciencias Exactas y Tecnología, Ciencias Sociales y Humanidades y Ciencias Ambientales. En Creación Artística cada año se cambia la modalidad a alguna de las ramas de las bellas artes. Los montos de los premios se incrementaron desde 2002, en esta versión de premio se otorgan cincuenta mil pesos a los primeros lugares, treinta mil pesos a los segundos lugares y quince mil pesos a los terceros lugares, las menciones honoríficas reciben diploma sin premio económico.

Desde su inicio en 1985 y hasta el año de 2006, el Premio Alejandrina a la Investigación y a la Creación Artística ha recibido 769 participaciones y ha otorgado 171 premios a ganadores en los primeros, segundos y terceros lugares, así como Menciones Honoríficas.

Para 2007 los patrocinadores de la vigésimo tercera versión del Premio son: La Sra. Alejandrina Mondragón Gaitán, la Universidad Autónoma de Querétaro, su Escuela Preparatoria y sus Facultades de: Bellas Artes, Ciencias Políticas y Sociales, Ciencias Naturales, Contaduría y Administración, Derecho, Enfermería, Filosofía, Informática, Ingeniería, Lenguas y Letras, Medicina, Psicología y Química, el Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Querétaro, el Patronato de la Universidad Autónoma de Querétaro, A.C., el Grupo Fomento Queretano, el Gobierno del Estado de Querétaro a través de la Secretaría de Desarrollo Sustentable, el Municipio de Querétaro, el Club de Industriales de Querétaro A.C., CNH de México S.A. de C.V., ET México Holdings I,S de R.L. de C.V., Holstein de México A.C., Promociones Gráficas Mexicanas S.A. de C.V., el Instituto Mexicano del Transporte, el CIATEQ A.C., el Centro de Investigación y Desarrollo Tecnológico en Electroquímica S.C. y el Centro Nacional de Metrología.

Por otra parte la convocatoria fue renovada para las áreas de investigación, al recibir en este rubro trabajos a manera de artículos, los cuales serán factibles de ser publicado, en dos áreas: la de ciencias exactas y ambientales y ciencias sociales y humanidades. En creación artística se convocará a cuento infantil, el monto de los premios fue de sesenta mil pesos a los primeros lugares, veinte mil pesos a los segundos lugares y diez mil pesos a los terceros lugares, las Menciones Honoríficas reciben diploma sin premio económico.