La escuela de química inicia sus trabajos en 1952, en el edificio del centro histórico de la Universidad, se ofertan inicialmente las carreras de Químico y Químico Farmacéutico Biólogo, aunque sólo se cursaban en la Universidad los dos primeros años. Se justificaron dichas carreras debido a que se suponía una evolución del Estado hacia la actividad industrial y de servicios, lo cual impactaría positivamente en la economía de la región.

En 1960 se oferta por primera vez el Plan completo de Q.F.B., y en 1961 el de Químico, en 1962 y 1963 egresan las primeras generaciones que realizaron su Plan de estudios completo en la propia Universidad. En 1966 se instituyen en la escuela de química las prácticas profesionales obligatorias, con el fin de poner al alumno en contacto con las actividades profesionales.

En 1970 en todo el país ocurre una reforma educativa y se reestructura el programa de licenciaturas, desaparecen las carreras de química y Q.F.B., en 1971 se empiezan a ofertar las carreras de Químico Agrícola, Químico en Alimentos, Químico Metalúrgico y Químico Biólogo. En 1975 se crea la división de estudios de postgrado en la Universidad y la escuela pasa a ser Facultad, al ofertar la Maestría en Ciencia y Tecnología de los Alimentos.

Para 1980 se crea dentro de la Facultad el Centro de Estudios Académicos sobre Contaminación Ambiental (CEACA). Posteriormente en 1987 se realiza la modificación del título de la carrera de Químico Biólogo, que cambia a Químico Farmacéutico Biólogo, al mismo tiempo se realizan cambios en todas las carreras a nivel de tronco común.

En el año de 1989 se crea el PROPAC (Programa de postgrado en alimentos del centro de la república), que es un nuevo Plan de la Maestría en Ciencia y Tecnología de los Alimentos, en la cual participan otras instituciones como lo son: Universidad Autónoma de Aguascalientes, Universidad Autónoma de  San Luís Potosí, Instituto Tecnológico de Celaya, CINVESTAV-Irapuato, Universidad de Guanajuato y la propia Universidad Autónoma de Querétaro, la sede principal es la Facultad de Química de la U.A.Q.

Entre 1989 y 1991, se realiza la revisión curricular de todas las licenciaturas que oferta la facultad y se aprueban en 1992 los Planes de Estudio de Químico en Alimentos, Químico Farmacéutico Biólogo y Químico Agrícola, en este mismo años se modifica y aprueba el cambio de Plan de estudios y cambo de título de la carrera de Químico metalúrgico por el de Ingeniero Químico Metalúrgico, así también en este mismo año se crea el primer doctorado que oferta la Universidad, Doctorado en Ciencias de los Alimentos, con sede en la Facultad de Química. Asimismo se incorpora la Maestría en Ciencias de los Alimentos y el Doctorado en Ciencia de los Alimentos al Programa Nacional de Postgrados de Excelencia del CONACYT.

Para 1993 se crea la especialidad de Bioquímica Clínica y en 1995 se crea la Licenciatura en Ingeniería Química Ambiental, dando inicio sus actividades en 1996.

En 1995 se integra formalmente el CEACA a la Facultad de Química. En 1996 se integra la Facultad de Química con todos sus programas a la evaluación externa por parea académicos CIEES. En 1997 después de ser evaluados los programas de postgrado de la Facultad, tiene respuesta positiva y definitiva por 5 años para formar parte del Padrón Nacional de Excelencia del CONACYT, y en 1997 se crea la Especialidad en Instrumentación Analítica.

Ante los retos de la modernidad y las políticas de la SEP, en 1997 se firma el primer convenio de nuestra Universidad con la SESIC de la SEP, para el participar en el programa PROMEP, siendo la Facultad de Química la primera dependencia que signa.

En 1998 se entregan todos los documentos de la auto evaluación diagnóstica solicitados por los CIEES para evaluar los programas de licenciatura de la Facultad, en 1999 se da respuesta quedando evaluados de la siguiente manera: Químico Agrícola nivel 2, Químico en Alimentos nivel 2, Ingeniero Químico Metalúrgico nivel 1, Químico Farmacéutico Biólogo e Ingeniero Químico Ambiental nivel 3.

Posteriormente en los siguientes años se ha estado dando respuesta a las recomendaciones de los CIEES y en 2006, todos los programas de licenciatura están evaluados en el nivel 1 de los CIEES, a excepción de Químico en Alimentos que está evaluado como nivel 2.

El crecimiento y diversificación permitió que a partir del año 2002 se oferte la maestría en Ciencias Ambientales, la cual en 2003 pasa a formar parte de los programas apoyados por el PIFOP (programa integral de fortalecimiento del postgrado), así bajo esta diversificación educativa en 2004 se oferta una nueva licenciatura en Biotecnología, la cual es promovida y apoyada por cuatro diferentes facultades entre ellas la Facultad de Química, Facultad de Ingeniería, Facultad de Ciencias Naturales y Facultad de Medicina.