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Fieles a la misión de nuestra Universidad en el terreno social, la Facultad lleva a cabo labores asistenciales en Centros de Salud de población dispersa, independientemente del servicio social y como parte de las acciones de la materia de Salud Pública.
La Facultad de Medicina de la Universidad Autónoma de Querétaro se funda en el año de 1977, por acuerdo del H. Consejo Universitario e inicia actividades en 1978 bajo la Dirección del Dr. Víctor Manuel Calderón Calderón quien preside un comité que se encarga de diseñar el primer plan de estudios semestral por asignaturas, e integra la primera plantilla docente. La sede inicial de la Facultad de Medicina fue la Escuela de Enfermería de la U. A. Q.; posteriormente se inició la construcción de las instalaciones actuales en terrenos cercanos a los campos clínicos proyectados.

Esta obra se realiza con aportaciones de benefactores como el Sr. D. Gonzalo Río Arronte y el Sr. D. Luís Fernández de Arriba, así como de autoridades gubernamentales federales y estatales y autoridades universitarias. En 1979 esta Facultad se traslada a su sede definitiva en el edificio que ocupaba el área de Laboratorio Multidisciplinario, que posteriormente se completó con otras instalaciones hasta su configuración actual.
En 1987, bajo la dirección del Dr. Carlos Alcocer Cuarón, el H. Consejo Universitario aprueba una reestructuración del plan de estudios, convirtiéndose en plan de estudios anual por asignaturas con dos años de formación básica, tres de clínica y un año de internado rotatorio de pregrado. El currículo se organiza por las áreas Biomédica, Clínica y Sociomédica. Con la incorporación de las especialidades básicas terminales de Medicina Familiar, Ginecología y Obstetricia, Cirugía General, Medicina Interna, Pediatría y Anestesiología, así como los posgrados de Odontología: Odontopediatría y Endodoncia. La Escuela adquiere carácter de Facultad el 30 de noviembre de 1989.
En el año de 1996, siendo director el Dr. Salvador Guerrero Servín, se incorporan a los programas que ofrece la Facultad: la Maestría en Ciencias Médicas y la Maestría en Geriatría. Cabe mencionar que la Facultad, bajo la gestión del Dr. Salvador Guerrero Servín, logró su acreditación por cinco años en el año de 1997, a través del Sistema Nacional de Acreditación de la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina (AMFEM).
El 16 de junio de 1997 toma posesión como director de la Facultad el Dr. A. Jesús Vega Malagón, quien en base a un diagnóstico situacional efectúa una tercera modificación del plan de estudios, que sin cambiar sustancialmente al anterior, introduce Metodologías didácticas y contenidos innovadores y actualizados; incluyendo las asignaturas de: Biología Molecular, Inmunología, Genética Clínica, Nutrición y Medicina crítica, así como talleres de Integración basada en problemas, para el primero, segundo y tercer año, y de Medicina basada en evidencias, para el cuarto y quinto año.
En la época del Dr. Vega Malagón, se modificó el proceso de selección de ingreso dando un peso importante a la evaluación externa mediante el Examen Nacional Indicativo aplicado por el CENEVAL, con lo cual, la selección es más transparente ante la sociedad. Se aprobó como requisito para inscribirse al sexto año de la carrera acreditar el idioma Inglés en su nivel de comprensión de textos ante la Facultad de Lenguas y Letras de la propia Universidad.
Se modificó asimismo la forma de titulación, con un pre-requisito de elaboración de un trabajo de investigación, un examen general escrito, presentación del Examen General de Egreso de la Licenciatura aplicado por el CENEVAL, y finalmente, un examen oral mediante la discusión de casos clínicos. Otro logro importante es que nuestros pasantes son reconocidos como alumnos de la Universidad con todos los derechos correspondientes sin que el Servicio Social forme parte del Plan de Estudios.
Se han consolidado los posgrados en Odontología logrando un eficiencia terminal casi del 100%, y se promueve la investigación a nivel de pre y posgrado. En el año de 1999, se amplía la oferta educativa iniciando la Licenciatura en Odontología.
En julio del 2003, toma posesión el Dr. Benjamín R. Moreno Pérez, quien implementa el proceso de Evaluación Curricular de la Licenciatura de Médico General, a partir de lo cual se realiza la reestructuración curricular de la misma licenciatura, dando origen al Plan de Estudios MED04, cuya característica principal radica en ser un plan de estudios semestral con créditos, flexible, incorporando curricularmente asignaturas como Laboratorio de Integración Basada en Problemas, Laboratorio de Clínica y Enseñanza, Geriatría, Imagenología y Laboratorio Aplicado a la Clínica. Además, se agrega la asignatura de Oncología General, también con valor curricular.
En Mayo del 2009, es electo como Director el Dr. Enrique A. López Arvizu, quien ha priorizado los proyectos de ampliación en infraestructura y oferta educativa que buscan consolidar a la Facultad de Medicina como la mejor del país.
Al 2006, había egresado la XXII generación; en la misma, mediante el Examen General de Egreso de la Licenciatura (EGEL-MG) aplicado por el CENEVAL, se ubicó en el 5° lugar Nacional y en el XXIX Examen Nacional de Aspirantes a Residencias Médicas ocupó el 9° sitio. Se destaca que en los últimos diez años nuestros egresados se han ubicado dentro de los primeros diez lugares mediante estas evaluaciones externas.
Desde la fundación de la Facultad, hasta el año de 2006, han egresado más de 800 licenciados en Medicina, el 80% de los cuales opta por realizar alguna Especialidad Médico - Quirúrgica.
En el Examen Nacional de aspirantes a Residencia Médica (ENARM), el porcentaje de aceptación y ubicación de nuestros alumnos ha sido de continuo éxito, basta citar que en 1996 Ernesto Sabath Silva obtuvo el primer lugar en Medicina Interna, y en 1997 se obtuvieron dos primeros lugares a nivel nacional: Juan Carlos Benítez Pérez, en Cirugía General, y Jorge Antonio Alcántara Medina, en Oftalmología.
Para 1998, se obtuvieron dos primeros lugares a nivel nacional: Abigail Hernández Cabeza, en Pediatría, y Damián Castro Olvera, en Ortopedia, entre 598 aspirantes.
En 1999, se alcanzaron dos segundos lugares a nivel nacional: Héctor Manuel Barragán Campos en Radiología e Imagen y Cuauhtémoc García Pastor en Cirugía General, además de cuatro aspirantes dentro de los 10 primeros lugares en diferentes especialidades. Esto nos da como resultado que el 20% de nuestros egresados se sitúen dentro de los 10 primeros lugares a nivel nacional, entre aproximadamente veinte mil aspirantes que presentan anualmente su examen, procedentes de todas las Facultades y Escuelas de Medicina del País.
Con respecto a las evaluaciones externas a que se ha sujetado la Facultad, diremos que para noviembre de 1996, recibe la aprobación y reconocimiento a sus programas de Licenciatura y Posgrado por parte del Comité Interinstitucional para la Evaluación de Educación Superior (CIEES) de la SEP, ubicándolos en el Nivel I. En abril de 1997, la Asociación Mexicana de facultades y escuelas de Medicina (AMFEM), otorgó la acreditación de nuestra Facultad al Programa de la Carrera de Medicina.
En el año 2002, recibe la primera reacreditación con vigencia de 5 años por parte del Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica (COMAEM) organismo acreditador reconocido por el COPAES (Consejo para la Acreditación de la Educación Superior); dicha vigencia vence en noviembre del 2007.
Siendo así la sexta Facultad acreditada, de setenta y siete facultades existentes en el país en ese entonces; hasta el momento, sólo catorce escuelas habían sido acreditadas, cuatro están en proceso y cuatro en autoevaluación para solicitar acreditación.
Contamos con un porcentaje de titulación del 100%. De ellos, el 98% de nuestros egresados ejerce su profesión, el 40% lo hace en el sector privado, el 18% exclusivamente en el sector público y el 40% en actividad combinada en ambos sectores.
Otro de los factores que ha permitido el excelente posicionamiento de nuestra Facultad, ha sido la enseñanza en Hospitales del Sector Salud: IMSS, SESEQ e ISSSTE con el Sistema Tutorial. En virtud de ello, los campos clínicos de tercero, cuarto y quinto año, así como el Internado de Pregrado en sexto año, se efectúan en los Hospitales del IMSS, ISSSTE y Secretaría de Salud.
Estos campos clínicos constan de los servicios de urgencias, Medicina Interna, Gineco - Obstetricia, Pediatría, Cirugía y Consulta externa. La enseñanza es en esencia: tutelar, con grupos de máximo seis alumnos y un mínimo de rotación de quince días con cada tutor, durante todo el año.
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