La Universidad Autónoma de Querétaro recibió el 28 de Agosto del año 2007 el reconocimiento que la Secretaría de Educación Pública otorga a las instituciones de educación superior por su calidad educativa. Este reconocimiento se otorga con base en el análisis que realiza el Consejo Nacional para la Evaluación de la Educación Superior, COPAES a través de sus organismos acreditadores CIEES y CACEI.

La Facultad de Ingeniería contribuye de manera notable a este tipo de reconocimientos, ya que a enero del 2008, la casi totalidad de sus programas de estudios están certificados, sobresaliendo las carreras de Ingeniería Civil, Automatización y Electromecánica, las cuales agrupan el 90% de la totalidad del alumnado. En situación similar se encuentran los programas de maestría y doctorado al estar incluidas dentro del padrón de excelencia del CONACYT.