La Facultad de Ingeniería remonta sus orígenes a la época del Colegio Civil en Querétaro. Es en 1867 cuando se crea la Escuela Nacional de Ingenieros, cuyo objetivo era realizar proyectos de infraestructura básica. En Querétaro (1877) se ofrecen nuevas opciones educativas, entre ellas la de Ingeniero Topógrafo (2 años) con un bachillerato especializado de 5 años. Durante el Porfiriato (1876-1910) la política educativa en el país se centró en la formación de técnicos y se impulsan los estudios de Ingeniería: Civil, Electricista e Industrial, ya que ante la escasez de profesionistas éstos se importaban de otros países. Después de una serie de vicisitudes que llevan al cierre y apertura del Colegio Civil en varias ocasiones, en 1951 se establecen los estudios profesionales en la Universidad de Querétaro, entre ellos los de Ingeniería  Civil. Esta carrera sólo ofrecía los primeros dos años, por lo cual los estudios debían concluirse en la UNAM. Es hasta 1963 que es posible ofrecer la carrera completa en la entonces Escuela de Ingeniería, teniendo su primera generación en 1965.

En 1972 se ocupa las instalaciones actuales en el Centro Universitario-Cerro de las Campanas. La transformación en Facultad se da en 1981 al ofrecerse la Maestría en Hidráulica y la Especialidad en Mecánica de Suelos, siendo también, en ese año, sede de la recién creada Maestría en Docencia de las Matemáticas. A ésta le siguen las maestrías en Construcción (1983), Mecánica de Suelos (1985), así como la Licenciatura en Instrumentación y Control de Procesos (1984). Para 1986 se da una primera desconcentración de los servicios educativos de la Facultad, ofreciéndose la carrera de Ingeniería Electromecánica en el Campus de San Juan del Río.

Con la creación de un Departamento de Investigación surgen la Maestría y la Especialidad en Sistemas de Transporte y Distribución de Carga. En 1990 se aprueba la creación de la Licenciatura en Matemáticas Aplicadas y en 1992 reanuda operaciones, después de un receso de un par de años, la Maestría en Docencia de las Matemáticas.

La búsqueda de una mayor pertinencia de los planes y programas lleva, en 1993, a una reestructuración curricular de casi todas las carreras, asimismo se reestructura el posgrado, integrándose las maestrías en ingeniería en una sola Maestría en Ciencias con cinco líneas terminales: Construcción, Estructuras, Hidráulica, Mecánica de Suelos y Valuación, agregándose, en 1995, la de Instrumentación y Control Automático. Por otra parte, permanecen las maestrías en Transporte y Distribución de Carga, así como Docencia de las Matemáticas. Con el proyecto Juriquilla se da la oportunidad de abrir el Doctorado en Ingeniería (1996) con áreas de atención a Ingeniería Civil, Ingeniería Mecánica, Transporte, Materiales, Instrumentación y Control de Procesos y Bioingeniería, así como cuatro líneas de investigación: Modelación Analítica y Experimental de Sistemas Físicos, Materiales, Mecatrónica y Sistemas de Transporte, Logística y Energéticos.

Los primeros reconocimientos a la calidad de los programas ofrecidos por la Facultad se logran en 1997, por un lado, la carrera de Ingeniería Civil es acreditada por el Consejo de Acreditación de la Enseñanza de la Ingeniería, A.C. (CACEI); por otro, las líneas terminales en Hidráulica e Instrumentación y Control Automático de la Maestría en Ciencias, así como el Doctorado en Ingeniería son admitidos de manera condicionada en el Padrón de Excelencia del CONACyT. En enero del 2000, la línea terminal Mecánica de Suelos de la Maestría en Ciencias es acreditada, condicionadamente, como un programa de excelencia por CONCYTEQ, mientras que Ingeniería Civil mantiene la acreditación del CACEI pero también de manera condicionada. Otras evaluaciones son las realizadas por los Comités Interinstitucionales para la Evaluación de la Educación Superior (CIEES), cuyos resultados son entregados en noviembre de 1998. Esta instancia se limita a hacer recomendaciones para el mejoramiento de los programas, pero los verdaderos compromisos se dan con la firma del Proyecto de Desarrollo de los Cuerpos Académicos en el marco del Programa para el Mejoramiento del Profesorado (PROMEP, 1998) y con el Programa FOMES.

Como consecuencia de una antigüedad de 10 años en los planes de estudio y atendiendo las recomendaciones de los CIEES, en el año 2000 se inician las actividades para lograr la re-estructuración de los programas de Ingeniería Civil, Ingeniería Electromecánica e Ingeniería en Instrumentación y Control de Procesos, poniéndolos en operación en enero del 2003.

Como resultado de esta re-estructuración, en los tres programas se da un disminución sustancial de horas frente a grupo, lo que se tradujo en una reducción de 10 a 8 semestres. Además, se planteó un esquema de créditos que tuvo como propósito fundamental otorgar flexibilidad al plan de estudios de las carreras, procurando siempre impulsar el aprovechamiento del alumno y ser congruentes con el modelo educativo propuesto por la UAQ. Adicionalmente, los programas de Electromecánica y Automatización insertan líneas terminales logrando mayor flexibilidad y mayor capacidad de atender las necesidades de mercado.

Comprometidos con la misión y visión de la Facultad, en el mes de junio de 2005 se crea el programa de Profesional Asociado en Construcción; en el mismo mes, la maestría en Ciencias se re-estructura en sus líneas terminales de Mecánica de Suelos, Hidráulica, Valuación e Instrumentación y Control Automático. También se re-estructura la maestría en Docencia de las Matemáticas incluyendo el cambio de nombre a maestría en Matemáticas Aplicadas con dos líneas terminales: en Docencia de las Matemáticas e Ingeniería Matemática. En ese mismo año se re-estructuran también la maestría en Transporte y Distribución y la especialidad en Docencia de las Matemáticas.

La persistencia en un continuo mejoramiento en la calidad educativa que se oferta, condujo a una nueva re-estructuración del plan de estudios en el año 2007, mismo que incorpora, entre los elementos relevantes: el aprendizaje y dominio del idioma inglés, la práctica obligatoria de deportes y una formación integral y centrada en el desarrollo de competencias.