El programa de maestría en Ciencias de la Computación ofrece una opción de alta calidad educativa y con la misión de formar investigadores capaces de proponer soluciones innovadoras y multidisciplinarias a los problemas que enfrentan las empresas en la región. El objetivo de la maestría es formar de recursos humanos altamente calificados en el área de las Ciencias de la Computación, con una orientación integral y la capacidad de proporcionar soluciones a los problemas de interés para la región y el país. Dicho programa actualmente se encuentra en el PNPC de CONACYT.