Desde el inicio de los estudios de posgrado en la Universidad Autónoma de Querétaro, en 1975, se ha tenido muy claro el papel de vanguardia que deben tener la docencia y la investigación en su mas alto nivel.

Sin posgrado y sin investigación, las universidades están condenadas a ser meras transmisoras y repetidoras de los conocimientos ajenos, generados en otros centros de saber, y la mayoría de las veces, desligados de los verdaderos problemas que aquejan a aquella sociedad en la que están situadas dichas universidades.

Los programas con que cuenta la Universidad Autónoma de Querétaro se encuentran agrupados en trece facultades y son los siguientes: